Το βασικό πρόβλημα στις ελληνοαλβανικές σχέσεις υπήρξε η διεκδίκηση της περιοχής, την οποία οι Αλβανοί ονομάζουν Νότια Αλβανία και οι Έλληνες, όπως είναι και το ορθό, Βόρειο Ήπειρο.
Οι ελληνικές θέσεις σ’ αυτή τη διεκδίκηση στηρίζονταν σε ιστορικά γεγονότα και σε φυλετικές και θρησκευτικές διακρίσεις. Οι Αλβανοί διεκδικούσαν τμήμα του Ηπειρωτικού χώρου με το αιτιολογικό ότι στο τμήμα αυτό κατοικούσαν αλβανόφωνοι ορθόδοξοι και μουσουλμάνοι. Ένα πρόβλημα που κληροδοτήθηκε από τους Τούρκους, οι οποίοι συνήθιζαν στις απογραφές να κατατάσσουν τους πληθυσμούς της Αυτοκρατορίας ανάλογα με το θρήσκευμα που ακολουθούσαν. Αυτή η συνήθεια των Τούρκων να θεωρούν τη θρησκεία και όχι την εθνική συνείδηση ως κριτήριο καθορισμού της εθνικότητας, υπήρξε η αιτία της διαμάχης μεταξύ Ελλήνων και Αλβανών.
Οι μουσουλμάνοι Αλβανοί που ασκούσαν στην Ήπειρο την τουρκική εξουσία, δημιουργούσαν σύγχυση των ορίων Ηπείρου και Αλβανίας. Έτσι ιστορικά οι Έλληνες τοποθετούσαν τα όρια της Ηπείρου, όπως είναι ιστορικά αποδεδειγμένο, στο Γενούσο (Σκούμπι) ποταμό, ενώ οι μουσουλμάνοι Αλβανοί επεξέτειναν τα όρια της Αλβανίας μέχρι τον Αμβρακικό κόλπο. Η διαμάχη αυτή συνεχίστηκε μέχρι το 1912, χρονιά που οι Αλβανοί κατόρθωσαν να διασφαλίσουν σημαντικές παραχωρήσεις από τους Νεότουρκους, με κυριότερη την εδαφική καταγραφή της Αλβανίας, αφού μέχρι τότε ήταν απλά μια γεωγραφική έκταση χωρίς όρια.