Έντονος υπήρξε και ο χριστιανικός χαρακτήρα της Ηπείρου, που τεκμηριώνει την ηθική ενότητα και την αδιάσπαστη αλληλουχία της, με τον χριστιανικό χαρακτήρα της υπόλοιπης Ελλάδας. Τον χριστιανισμό στα άγια χώματα της Ηπείρου, κήρυξε ο απόστολος των Εθνών Παύλος, ενώ πλήθος μαρτύρων του αγιολογίου της Ορθοδοξίας μας, ήραν την καταγωγή τους από την Βόρειο Ήπειρο. Όπως καταγράφει στις μαρτυρίες του, ο απόστολος Παύλος διέμεινε έναν ολόκληρο χειμώνα στην Νικόπολη, η οποία αποτέλεσε και το ορμητήριο των ιεραποστολικών του παρεμβάσεων, σε όλο φάσμα της Ηπείρου, της Ιλλυρίας και της Δαλματίας. Στα πρώτα χριστιανικά χρόνια πλήθος μαρτύρων καταγόμενοι από την ιστορική Βόρειο Ήπειρο, μαρτύρησαν για το ήθος της ορθοδοξίας. Είναι καταγεγραμμένοι ιστορικά οι θάνατοι – μαρτυρίες του επισκόπου Δυρραχίου Αγίου Αστείου (98 μ.Χ), του επισκόπου Αυλώνος Ελευθερίου (120 μ.Χ.), και του επισκόπου Φοινίκης Αγίου Δονάτου το 250 μ.Χ.