H περιοχή της αρχαίας πόλης του Βουθρωτού στη Βόρειο Ηπειρο δεν αποτελεί μονάχα καταφύγιο για μερικά παγκοσμίως απειλούμενα είδη, αλλά και τόπο πλούσιας πολιτιστικής κληρονομιάς, η οποία δικαιώνει την ένταξή του στον Κατάλογο των Μνημείων Παγκόσμιας Πολιτιστικής Κληρονομιάς της UNESCO. Το Εθνικό Πάρκο περιλαμβάνει μεγάλη ποικιλία οικοτόπων — φυσικών, ημί-φυσικών και τεχνητών — έλη γλυκού νερού, καλαμιώνες, μεσογειακά δάση και μακία, καλλιεργήσιμες εκτάσεις και οπωρώνες, καθώς και παράκτια ύδατα με βραχώδεις και αμμώδεις ακτές, ανοιχτά αλοφυτικά εδάφη, κα.. Αυτοί οι οικότοποι που φιλοξενούν μεγάλη ποικιλία χλωρίδας και πανίδας, που συμπεριλαμβάνει και παγκοσμίως απειλούμενα είδη φυτών και ζώων, ξεχωρίζουν την περιοχή του Βουθρωτού ως την πιο σημαντική από άποψη βιολογικής ποικοιλότητας στην Αλβανία.