Παρά την αύξηση των κονδυλίων, η ποιότητα της επιστημονικής έρευνας στην Αλβανία παραμένει στάσιμη, θέτοντας ερωτήματα για το μέλλον της επιστήμης στη χώρα. Η Mirela Muça, Γενική Διευθύντρια της Εθνικής Υπηρεσίας Επιστημονικής Έρευνας και Καινοτομίας (AKKSHI), επισημαίνει ότι πολλές έρευνες δεν παράγουν "γνήσια επιστημονικά προϊόντα", με έλλειψη εργαστηριακής έρευνας και σπατάλη πόρων σε διοικητικά έξοδα.

Η χρηματοδότηση της επιστήμης, αν και αυξημένη, παραμένει πολύ χαμηλότερη από τις συστάσεις της ΕΕ, ενώ η κυβερνητική εστίαση σε εφαρμοσμένες έρευνες αφήνει εκτός χρηματοδότησης θεμελιώδη πεδία.

Παρά τις προκλήσεις, η Αλβανία έχει σημειώσει πρόοδο. Η συμμετοχή σε διεθνή προγράμματα όπως το Horizon Europe φέρνει σταδιακά αύξηση στην απορρόφηση πόρων, ενώ για πρώτη φορά αλβανικά πανεπιστήμια θα ηγηθούν έργων Horizon Europe. Η συνεργασία με ξένους ερευνητές μέσω κοινών έργων ενισχύει δεξιότητες και φέρνει χρηματοδότηση.