Ιθύνων νους και ψυχή της όλης δράσης του «Ηπειρωτικού Κομιτάτου» ήταν ο Χιμαραίος Υπομοίραρχος της Χωροφυλακής Σπύρος Σπυρομήλιος, ο οποίος είχε ήδη αναπτύξει σημαντική δράση στη Μακεδονία, κυρίως εναντίον των Βουλγάρων κομιτατζήδων στην περιοχή του Βερμίου.

Όμως, πρώτος Πρόεδρος του «Ηπειρωτικού Κομιτάτου» αναδείχτηκε ο Αντισυνταγματάρχης Πυροβολικού Παναγιώτης Δαγκλής, ο οποίος ήταν απόγονος οπλαρχηγών του 1821 από το Σούλι, και καθώς ήταν ιδιαιτέρως αγαπητός στο στράτευμα και διατηρούσε άριστες σχέσεις με τη βασιλική οικογένεια, θεωρήθηκε ο πλέον κατάλληλος γι' αυτό το εγχείρημα.

Ακόμη, την ιδρυτική ομάδα πλαισίωναν διαπρεπείς Ηπειρώτες αξιωματικοί: ο Ταγματάρχης Μηχανικού Χρήστος Μαλάμος, ο Υπολοχαγός Οικονομικού Χρήστος Χρόνης, ο Ανθυπίλαρχος Βασίλης Μελάς και ο Ανθυποπλοίαρχος Χαρίλαος Λιάμπεης.

Εκτός από τους στρατιωτικούς, αρκετά από τα ιδρυτικά μέλη του «Ηπειρωτικού Κομιτάτου» ήταν πολιτικοί και διανοούμενοι, όπως ο δημοσιογράφος και λογοτέχνης Χρήστος Χρηστοβασίλης, ο Υφηγητής Πανεπιστημίου Μιλτιάδης Πανταζής, ο δικηγόρος Περικλής Καραπάνος, ο πολιτικός Αυγερινός Αβέρωφ, ο δημοσιογράφος Γεώργιος Γάγαρης, ο γενικός διευθυντής των ΣΠΑΠ Γεώργιος Δούμας («Σιδηρόδρομοι – Αθηνών – Πειραιώς – Πελοποννήσου») καθώς και άλλοι.

Αμέσως μετά, ιδρύθηκαν οι τρεις διευθύνσεις του Κομιτάτου, στα τρία σημαντικότερα αστικά κέντρα της Ηπείρου, όπου υπήρχαν και προξενεία. Στα Γιάννενα (Α), στην Πρέβεζα (Β) και στο Αργυρόκαστρο (Γ), την οργάνωση των οποίων ανέλαβε προσωπικά ο Σπυρομήλιος.

Το κύριο βάρος της δράσης, επωμίσθηκε η Α Διεύθυνση Ιωαννίνων την ηγεσία της οποίας ανέλαβε ο Υπολοχαγός Κωνσταντίνος Τσιριγώτης που, επίσημα, ήταν Γραμματέας του τοπικού Προξενείου. Η μετάδοση των πληροφοριών προς την ελεύθερη Ελλάδα, γινόταν μέσω κρυπτογραφικού κώδικα ενώ η μεταφορά της αλληλογραφίας γινόταν από άτομα εμπιστοσύνης, ειδικούς ταχυδρόμους, χωρικούς, βοσκούς, αγωγιάτες ή και με τη συμμετοχή αμαξάδων που τη μετέφεραν σε ειδικές κρύπτες.

Σημαντική δράση ανέπτυξε και η Διεύθυνση Πρέβεζας, όπου είχε τοποθετηθεί ο Υπολοχαγός Πυροβολικού Ιωάννης Παπαϊωάννου. Η δράση της Διεύθυνσης Αργυροκάστρου, όπου αποσπάστηκε το 1908 ο Υπολοχαγός Πεζικού Νικόλαος Κοντογούρης, ήταν περιορισμένη λόγω της έκρυθμης κατάστασης που επικρατούσε στην περιοχή.

Το «Ηπειρωτικό Κομιτάτο» ιδρύθηκε κατά το πρότυπο της «Φιλικής Εταιρείας» με τα στελέχη του να οργανώνονται σε μυστικές ομάδες που διακρίνονταν σε τρεις ιεραρχικές βαθμίδες: «εταίρους» «αδελφούς» και «ελευθερωτές» που ορκίζονταν πίστη και αφοσίωση στο πατριωτικό τους καθήκον. Κατά το πρώτο έτος της ύπαρξης του Κομιτάτου, οι μυημένοι στα Ιωάννινα έφτασαν τους 300 και την ύπαιθρο τους 1.500, γρήγορα όμως αυτοί πολλαπλασιάστηκαν σε ολόκληρο το σαντζάκι Ιωαννίνων.

Το Κομιτάτο, εκτός από τις πληροφορίες που έστελνε στην Ελεύθερη Ελλάδα, άρχισε να μυεί, να οργανώνει και να εξοπλίσει μυστικά ομάδες σε όλη την Ήπειρο. Άτομα από την τάξη των «Ελευθερωτών», μετέφεραν όπλα και πυρομαχικά μέσα σε δέρματα ζώων. Η διαδρομή που ακολουθούσαν ήταν: Καλαρρύτες – Δρίσκος – Μονή Ντουραχάνης – Λίμνη Ιωαννίνων, όπου σε επιλεγμένες θέσεις κρύβονταν προσωρινά τα όπλα. Από εκεί μεταφέρονταν σε όλη την Ήπειρο.

Κατά τα δύο πρώτα χρόνια της δράσης του Κομιτάτου μεταφέρθηκαν στην Ήπειρο 1.450 όπλα, ενώ μέχρι τις παραμονές των Βαλκανικών πολέμων, σύμφωνα με το αρχείο Δαγκλή έφτασαν περίπου τα 15.000 όπλα.